В 1914 г. в связи с Первой мировой войной из университетов стали увольнять немецких профессоров, и к началу 1915 г. «чистка рядов» была закончена. В 1916 г. под давлением власти из Академии были исключены иностранные члены, а также ряд подданных России немецкого происхождения.
В 1918 Научный отдел уже советского Наркомпроса разработал проект коренной реорганизации Академии наук: вместо нее предлагалась ассоциация, объединяющая автономные союзы представителей отдельных научных отраслей. Академии предложили пересмотреть свой собственный Устав, и когда Наркомпрос признал предложения Академии «неудовлетворительными ввиду несоответствия духу времени», ученые обратились к В. И. Ленину.
Ленин тут же предостерег от реформы: «Нам сейчас вплотную Академией заняться некогда, а это важный общегосударственный вопрос. Тут нужна осторожность, такт и большие знания, а пока мы заняты более проклятыми вопросами. Найдется у вас какой-нибудь смельчак, наскочит на Академию и перебьет там столько посуды, что потом с вас придется строго взыскивать».
В 1933 г. Академия была переведена из Ленинграда в Москву и подчинена непосредственно Совнаркому СССР.
В 1961 г. следующую реформу Академии затеял Н. Хрущев. Из Академии были переданы в управление промышленных министерств и государственных комитетов институты, занимавшиеся прикладными исследованиями. А в 1964 г. Хрущев на пленуме ЦК КПСС заявил, что «Академия наук нам не нужна, потому что наука должна быть в отраслях производства». Однако после отставки Хрущева эти «реформы» были остановлены.
В 1991 г. новая российская власть попыталась повторить опыт Наркомпроса: распустить Академию и создать ассоциацию институтов. Однако эта попытка была отбита.
В 2003 г. структура Академии была пересмотрена — в целях «оптимизации» в два раза сократили количество отделений по областям и направлениям науки.
Возглавивший Минобрнауки в 2004 г. А. Фурсенко предложил резко сократить количество научных центров, финансирующихся государством, и оставить финансирование только для «эффективных» центров, причем организовать в них конкурсный механизм финансирования научных программ. Эта реформа также «не прошла».
В 2006 г. ведомство Фурсенко подготовило новый проект, по которому РАН лишалась прав на управления имуществом, а полномочия по учреждению научных институтов передавались новому органу — «Федеральному агентству по фундаментальным исследованиям» (отметим, почти полный аналог нынешней «реформы»). Часть институтов РАН планировалось оставить на государственном балансе, часть — интегрировать с университетами или с бизнес-структурами.
В итоге руководство РАН подписало с А. Фурсенко «Концепцию модернизации структуры, функций и механизмов финансирования российской науки», в которой основные позиции и функции Академии сохранялись, но были и заметные новации. Согласно поправкам к закону «О науке и государственной научно-технической политике», вступившим в силу в конце 2006 г., президента РАН, избранного академиками, утверждает президент РФ, а Устав академии, а также кандидатуры президентов отраслевых академий утверждает правительство.
В феврале 2007 г. общее собрание РАН отвергло предложенный правительством проект устава РАН, по которому Президиум РАН лишался финансовых и административных полномочий, а управление передавалось в наблюдательный совет, состоящий, в основном, из представителей власти. В итоге Правительство утвердило устав в версии РАН, где признавалось, что академия имеет госстатус и является самостоятельным субъектом бюджетного планирования.
27 февраля 2008 года Правительство утвердило программу фундаментальных исследований, в которой Академии на пять лет было выделено всего 253 (!!!) млрд руб. то есть гораздо меньше, чем годовой бюджет крупного американского или европейского университета.
В 2010 г. из недр Минобрнауки вновь стали поступать заявления о том, что РАН никуда не годится и должна быть ликвидирована.
24 марта 2013 г. в эфире «Эха Москвы» глава Минобрнауки Д. Ливанов сказал об Академии наук следующее: «Такая форма организация науки в XXI веке бесперспективна. Она не будет жить, она нежизнеспособна. Но у нас она живет. И эта жизнь, она еще какое-то время продлится... То, что от меня зависит, я буду делать, для того чтобы эта ситуация изменялась… Мировое лидерство в науке сегодня имеют те страны, в которых наука устроена по-другому… Принципиальное различие в том, что роль интеллектуальных центров, центров производства новых знаний играют университеты».
Академики в открытом письме потребовали от министра извинений. Ливанов ответил: «Если мои слова обидели кого-то из ученых…, то я об этом искренне сожалею... В целом система организации работы ученых РАН не является современной, не является эффективной, не соответствует мировым стандартам. И ответственность за это несет само руководство Академии наук».
После этого академики Ж. Алферов и В. Фортов покинули Общественный совет при министерстве. Жорес Алферов объяснил свое решение в открытом письме: «Традиции эффективного сотрудничества Российской академии наук и вузов нашей страны сохраняются столетиями и развиваются Академией наук и все последние годы. К сожалению, господин Ливанов либо не понимает этого, либо, что еще хуже, сознательно пытается разорвать науку и образование».
27 июня 2013 г. правительство РФ одобрило законопроект реформы РАН, предложенный якобы (?) Минобром. При этом премьер Д. Медведев заявил, что РАН «уже не в полной мере соответствует современным задачам развития страны», и что ученых избавят от «несвойственных функций управления имуществом и коммунальным хозяйством».
Законопроект предполагал полную ликвидацию РАН и создание вместо нее некоей «общественно-государственной организации», куда войдут РАН, Российская академия медицинских наук и Российская академия сельскохозяйственных наук. Управлять имуществом научных институтов бывших академий назначалось специально созданное агентство. Вводился трехлетний мораторий на избрание академиков, а нынешние члены-корреспонденты академий сразу получали звание академиков. Но это звание переставало быть пожизненным и неотчуждаемым.
При этом по законопроекту, объединенная «общественно-государственная» РАН имела лишь функцию экспертизы крупных научно-технических программ и проектов, в том числе финансируемых государством, директора институтов РАН назначались правительственными чиновниками, а Общее собрание РАН становилось лишь второстепенным органом управления, имевшим функцию утверждения ежегодных докладов президенту и правительству о состоянии науки в стране.
Такой радикальный «реформистский» законопроект Госдуме предлагалось принять во всех трех чтениях до окончания весенней сессии, то есть практически за неделю.
Совет по науке при Минобрнауки призвал провести обсуждение реформы: «Мы считаем неправильным, что закон, коренным образом меняющий систему организации науки в Российской Федерации, готовился и рассматривался без обсуждения с научной общественностью».
Руководство Сибирского отделения РАН написало обращение, потребовав немедленной отставки Д. Ливанова и «проведения открытого и гласного обсуждения имеющихся проблем с участием всех членов государственных академий наук и научного сообщества России».
Профсоюз работников РАН направил телеграмму Путину с требованием вернуть «обсуждение законопроекта о реорганизации науки… в нормальное русло с учетом общественности, соблюдением законодательства и сроков при прохождении законопроекта в Государственной думе».
1 июля Президиум РАН заявил, что «в случае реализации реформы будет создана аморфная и непонятно как управляемая организация». Но на следующий день Госдума приняла закон в первом чтении.
3–4 июля президент В. Путин встретился с главой РАН В. Фортовым, главой РАМН И. Дедовым, главой РАСХН В. Романенко, академиком Е. Примаковым и ректором МГУ В. Садовничим. По итогам встречи В. Фортов заявил о том, что выработаны компромиссные поправки к закону о реформе РАН. Суть согласованных поправок Фортов обозначил так: на переходный период пост президента РАН и руководителя Агентства по управлению имуществом академии будет совмещен. Директора институтов РАН будут назначаться экспертным органом при Совете при Президенте РФ по науке и образованию. Институт членов-корреспондентов будет сохранен в течение трех лет. Объединение РАН, РАСХН и РАМН будет постепенным.
5 июля Дума приняла законопроект о реформе РАН во втором чтении. В поправках к закону РАН получила статус государственного бюджетного учреждения, а звание члена-корреспондента должно быть упразднено в течение трех лет.
Академия «взбунтовалась». Ученые в прессе и в своих собраниях подвергали закон сокрушительной критике и даже организовали уличные протесты в Москве и других крупных «научных» городах.
После нескольких встреч с учеными в августе президент признал, что соглашается с предложениями главы РАН В. Фортова по реформе академии. А 9 сентября на общем собрании РАН была принята резолюция с просьбой к ГД принять в качестве поправок к закону о реформе РАН «предложения, подготовленные президиумом РАН и одобренные президентом России».
Поправки президиума РАН состояли в следующем:
отказаться от ликвидации РАН;
сохранить научные институты в подчинении академии при передаче ее имущества во вновь создаваемое федеральное агентство, которое должен возглавить президент РАН;
сохранить за региональными отделениями академии статус юридических лиц с отдельной строкой финансирования;
для объединения РАН с академиями медицинских и сельскохозяйственных наук отвести период не менее трех лет;
статус академиков и членов-корреспондентов определять Уставом РАН.
17 сентября Госдума приняла решение вернуть проект закона о реформе РАН во второе чтение, но уже 18 сентября — то есть опять-таки без какого-либо серьезного думского и тем более академического и общественного обсуждения — приняла закон сразу во втором и в третьем, окончательном, чтении. При необходимых 226 голосах «за» высказался 331 депутат, против — 107, воздержался 1 человек.
Президент РАН В. Фортов отметил, что «среди отклоненных поправок — принципиальная, утвержденная высшим органом академии — Общим собранием. Она заключается в следующем: академические институты в их научно-организационной части управляются академией, а их имущественный комплекс передается Агентству научных институтов РАН».
25 сентября закон был утвержден Советом Федерации, 27 сентября — подписан Президентом. По этому закону, институты РАН, Российской академии медицинских наук, Российской академии сельскохозяйственных наук будут переданы в ведение Федерального агентства по управлению имуществом РАН, за исключением институтов Дальневосточного, Сибирского и Уральского Отделений РАН.
За РАН сохраняется функция главного распределителя бюджетных средств, выделенных на ее региональные отделения, которые получают статус федеральных государственных бюджетных учреждений.
Полномочия действующего главы РАН В. Фортова сохраняются в течение трех лет после первого общего собрания реформированной РАН. Агентство, в ведение которого отойдет имущество РАН, подчиняется правительству, но его руководитель назначается на должность и освобождается от должности по согласованию с президентом.
В числе основных задач РАН в законе названы «проведение фундаментальных и поисковых научных исследований, финансируемых за счет средств бюджета, участие в разработке и согласовании программы фундаментальных научных исследований в РФ на долгосрочный период»; РАН также наделяется функциями «экспертизы научно-технических программ и проектов».