Новые виды бактерий, грибков и вирусов в микробиоме кожи человека выявили ученые из Европейского института биоинформатики EMBL (EMBL-EBI), 4 января сообщает Phys.org.

Микробиомы — это сообщества микроорганизмов, которые встречаются повсюду, от океанов и почвы до кишечника человека и поверхности кожи. Считается, что микробиом кожи играет ключевую роль в заболеваниях кожи. Определенные микроорганизмы в микробиоме кожи связаны с различными кожными заболеваниями, включая акне и экзему.

Исследователи секвенировали геномы микроорганизмов, обнаруженных в 594 образцах, взятых с различных поверхностей кожи 12 здоровых добровольцев. Комплексный анализ позволил создать Коллекцию микробного генома кожи (SMGC) — эталонных геномов для микробиома кожи человека.

«Мы обнаружили тысячи вирусных последовательностей, включая множество гигантских фагов — очень больших вирусов, которые заражают бактерии — чаще всего на поверхности рук и ног наших добровольцев», — сказала Сара Кашаф, аспирант NIH и EMBL-EBI.

Эти области тела имеют очень разнообразные микробиомы, которые формируются благодаря постоянному контакту с окружающей средой.

Коллекция SMGC включает 174 ранее неизвестных вида бактерий, четыре новых эукариота и 20 новых гигантских фагов— вирусов с геномом более 200 килобаз, что в 3-5 раз больше, чем у обычного вируса. Это исследование расширяет каталог известных кожных бактерий на 26%.

«В дополнение к бактериям и вирусам, которые мы обычно обнаруживаем в метагеномике, мы также обнаружили двенадцать геномов одноклеточных эукариот — грибов, таких как дрожжи, — из кожи человека. Некоторые из этих геномов уже были известны. Изучение паттернов этих новых эукариот показало, что один из них был очень распространен среди добровольцев и может быть обнаружен у многих из нас», — говорит Роб Финн, руководитель группы в EMBL-EBI.

Все эти данные вскоре будут находиться в свободном доступе в виде нового каталога генома на ресурсе данных MGnify, где исследователи смогут найти огромный спектр наборов данных о микробиоме, в том числе для кишечника человека.