Платформу с открытым исходным кодом для междисциплинарного моделирования биологических систем под названием BioDynaMo разработала совместная группа исследователей консорциума Биоинформатика, 16 сентября сообщает Bioinformatics.

Моделирование на основе агентов (ABS) — это мощные вычислительные инструменты, которые помогают ученым понять сложные биологические системы. Эти модели являются недорогим и эффективным способом быстрой проверки гипотез о физиологии клеточных тканей, органов или целых организмов.

BioDynaMo может моделировать сложные медицинские случаи в неврологии, онкологии и эпидемиологии благодаря своей способности использовать многоядерные процессоры и загружать вычисления на аппаратные ускорители.

Платформа работает в 945 раз быстрее, чем современные базовые системы. Это позволяет моделировать каждый вариант с одним миллиардом ячеек на одном сервере.

Однако многие ABS не в полной мере используют доступные вычислительные мощности, и большинство платформ ABS на рынке разработаны с учетом конкретного применения.

«Мы показали, что BioDynaMo обладает отличными характеристиками и производительностью. Это поможет ученым завтрашнего дня понять расхождения предлагаемых гипотез. И что еще более важно, это поможет биомедицинским исследованиям стать по-настоящему междисциплинарной областью 21 века», — сказал доктор Роман Бауэр из университета Суррея.