Правительство Российской Федерации основало нефтяную компанию ЮКОС в 1993 году на основе ряда крупнейших предприятий нефтедобычи и нефтепереработки. Президент России Борис Ельцин и премьер-министр Виктор Черномырдин включили в состав ЮКОС «Юганскнефтегаз», нефтеперерабатывающие предприятия «Куйбышевнефтеоргсинтеза» и ряд промышленных предприятий, занимающихся сбытом нефти.
В 1995 году Кремль утвердил план по приватизации нефтяной компании ЮКОС. Благодаря махинациям с залоговыми аукционами контроль над компанией ЮКОС получила группа «Менатеп». Михаил Ходорковский и Платон Лебедев являлись директорами Group MENATEP Limited (GML). В 2001 году Михаил Ходорковский владел пакетом 59,5% акций GML. В 1998 году конфликт руководства компании с мэром Нефтеюганска Владимиром Петуховым привел к убийству Петухова. В 2005 году по делу об убийстве Петухова суд вынес обвинительный приговор начальнику отдела внутренней экономической безопасности ЮКОСа Алексею Пичугину.
В 2003 году нефтяную компанию обвинили в уклонении от уплаты налогов в крупном объеме. Было возбуждено уголовное дело. Начиная с 2004 года активы ЮКОСа начали распродаваться на аукционах. Основная часть активов в итоге попала под контроль государственной корпорации «Роснефть». В 2006 году московский арбитражный суд объявил о банкротстве компании ЮКОС.
Начиная с 2007 года бывшие акционеры ЮКОСа начали подавать иски к руководству России, утверждая, что у них противоправно отобрали имущество. В 2009 году Европейский суд по правам человека в Страсбурге принял жалобу акционеров ЮКОСа на сумму $98 млрд.
В 2014 году гаагский арбитражный суд вынес решение в пользу акционеров ЮКОСа и потребовал от России выплатить $50 млрд к середине января 2015 года. В 2015 году владельцы акций ЮКОСа смогли арестовать некоторые российские активы во Франции, Бельгии и Австрии. Арбитражный суд руководствовался положениями Европейской Энергетической хартии. При этом президент России Владимир Путин еще в 2007 году в Мюнхене призвал страны Запада к честной конкуренции и единым принципам в экономике. Президент РФ оценил Хартию как неприемлемую для России. В 2009 году Кремль окончательно отказался ратифицировать Энергетическую хартию.
Поэтому в 2016 году окружной суд Гааги отменил решение арбитражного суда, по которому России вменялось выплатить бывшим акционерам ЮКОСа $50 млрд. Окружной суд Гааги принял аргумент российской стороны о том, что Россия так и не ратифицировала Энергетическую хартию. В 2019 году в Гааге прошли слушания, на которых бывшие владельцы акций ЮКОСа обжаловали решение окружного суда Гааги в Апелляционном суде.
5 ноября Верховный суд Нидерландов отменил постановление о выплате $50 млрд бывшим владельцам акций ЮКОСа. Решение касается трех акционеров. Генеральная прокуратура России в тот же день решение Верховного суда в Гааге поддержала.